自从20世纪50年代，人们发现将青霉素发酵残渣加入饲料中喂养动物能大幅度提高畜禽的生长速度以来，抗生素对动物生长促进作用及其带来的经济效应得到充分验证，因此，抗生素被广泛的用作畜禽添加剂。同时，抗生素可以口服或注射的方式被大量的用于动物疾病的治疗，为饲料及其发展起到积极的促进作用。但其在食品中，特别是肉及其制品中的残留与危害也日渐显露。
1、抗原性引起人体的过敏和变态反应
经常食用一些有低剂量的抗菌药物残留的食品能使易感人体出现过敏反应。例如，青霉素、四环素、磺胺类药物及某些氨基糖苷类抗生素等具有抗原性，能刺激机体产生抗体，造成过敏反应，轻者表现为寻麻疹、发热、关节肿痛等，严重时出现过敏性休克，甚至危害生命。
2、“三致”作用
人体长期低剂量地摄入某些抗生素，还可以产生致癌、致畸、致突变作用、例如，苯并咪唑类药物能干扰细胞的有丝分裂，具有明显的致畸作用和潜在的致癌与突变效应；磺胺类药物有致肿瘤倾向；哇诺酮类药物大部分具有光敏作用，个别品种出现在真核细胞内已显示了致突变作用。
3、增加细菌的耐药性
长期使用含抗生素的动物性食品，容易诱导耐药菌株的出现，使抗维生素失去治疗的疾病的价值，给人类疾病的治疗带来困难甚至可能出现一些药物无法控制的细菌感染。研究表明，长期低剂量的抗生素能导致金黄色葡萄球菌耐药菌株的感染。也可能引起大肠菌耐药菌株的出现。
4、导致人体肠道内正常菌群失调和紊乱
在正常情况下，人体肠道内的微生物菌群之间维护者共生平衡，对人体健康产生有益作用。但是，如果长期食用抗生素残留超标的动物性食品，就有可能抑制或灭杀某些敏感菌，而耐药菌或条件性致病菌大量繁殖，导致微生物平衡破坏，从而使人与动物易发感染性疾病，并影响某些有益菌群合成人体所需的B族维生素和维生素K。因此，长期摄食抗维生素残留超标食品，可以导致人体有益菌群平衡失调，造成长期腹泻或某些维生素缺乏。
5、毒性作用
人长期食用含抗生素残留的动物性食品后，药物不断在体内蓄积，对人体产生毒性作用。例如，氯霉素可能导致的再生障碍性贫血；链霉素、庆大霉素和卡那霉素等氨基糖肝苷内抗生素，可以损害前庭和耳蜗神经，导致眩晕和听力减退；四环素类药物能够与骨骼中的钙结合，抑制骨骼和牙齿的发育；磺胺类抗生素引起肾脏器官损害，特别是乙酰磺胺在酸性尿中的溶解度很低，可在肾小管、肾盂、输尿管等分析出结晶，损害肾脏。
